I dag er her landbrugsjord så langt øjet rækker, men da Stenalderhavet stod på sit højeste, gik havet helt herind. Med tiden blev det inderste af bugten afsnøret fra havet, og Trundholm Mose opstod. Siden har mennesket drænet mosen for at dyrke jorden.
For ca. 5.000 år siden medførte klimaændringer, at der var flere storme og stærke vestenvinde, og havet eroderede kysten i Sejerø Bugt Store mængder af sand og grus blev transporteret ind i bugter og vige, og der blev opbygget strandvolde, som efterhånden afsnørede den inderste del af Sejerø Bugt Der opstod en ferskvandssø, som siden forsumpede og groede til, og Trundholm Mose var skabt
I jagten på dyrkbar jord blev mosen i 1799 tørlagt til dyrkning og afgræsning.
I 1902 blev Trundholm Mose kendt som findested for Solvognen, dansk nationalklenodie og et enestående bronzealderfund.
